洁净室工程与电子、制药、生物工程、医疗卫生、食品、化妆品和军工行业密不可分，提供满足生产需要的受控环境，直接影响产品的质量。但因各行业对洁净室工程的洁净程度要求是不一致的，因此在进行洁净室工程设计时应遵守相关的标准，确保其环境达到所需的标准。
1、医药产品生产的洁净室无尘车间工程要求
药品是用于预防、治疗疾病和恢复、调整机体功能的特殊商品，它的质量直接关系到人的健康和安危。如果一些药品在制造过程中受到微生物、尘粒等污染或交叉污染，可能会产生预料不到的疾病和危害。
2、医疗应用及医学研究中的洁净室工程要求
以集成电路为代表的工业环境实验室控制中多采用工业洁净室技术和工业洁净室工程；而在医学中，多采用生物洁净室工程进行微生物污染控制。在生物洁净室里，这些微生物多由细菌和真菌组成，粒径尺寸在0.2um以上，常见的细菌粒径都在0.5um以上，并且多数依附在其他物质微粒上。生物污染渠道不仅通过空气，还与人体、与操作人员的服装有关。
在医学研究领域中，生物实验室工程、无菌实验室工程以及供生物化学、医学实验用的“特殊饲养动物”饲养室也都十分需要控制微生物污染。
3、精密机械和精细化工产品生产的洁净室工程要求
随着科学技术的发展，许多工业产品的生产加工对生产环境的无尘车间工程中含尘浓度提出*的要求，这就需要其生产环境中具有一定的空气洁净等级和控制生产过程所需各类相关物质的供应质量。例如，在胶片生产中，胶片若受到了尘埃的污染，将会发生乳剂氧化，活性减弱，pH值变化等，从而影响胶片的感光性能。
4、半导体、集成电路生产的洁净室工程要求
半导体材料提纯作为发展半导体器件的重要基础。由于大规模和超大规模集成电路的工艺要求，为得到高纯度的硅材料，原料和中间媒介的高纯度和高精度恒温恒湿工程生产环境的洁净度成为影响产品质量的一个突出问题。
集成电路芯片的成品率与芯片的缺陷密度有关，而芯片的缺陷密度与空气中粒子个数有关。因此，集成电路的高速发展，不仅对空气中控制粒子的尺寸有*的要求，而且也需进一步控制粒子数；同时，对于超大规模集成电路生产环境中无尘车间工程的化学污染控制也有相关的要求。
5、化妆品、食品生产的洁净室要求
现代化妆品中大多含有蛋白质、维生素、氨基酸、植物萃取液等，这些组分为细菌、霉菌等微生物的滋生、繁殖提供了有利条件。因此，微生物的污染是影响化妆品质量的重要因素。化妆品生产过程中使用的洁净室工程的控制对象主要是尘粒、微生物，与药品生产用的洁净室要求类似。目前，化妆品生产用洁净室工程的空气洁净度等级可参照药品的GMP净化工程规范进行。
在食品工厂的生产过程中，设施的严格管理是确保食品的安全卫生，防止发生由于病原大肠菌、沙门氏菌造成的食品中毒或饮料中混入霉菌等的重要手段。20世纪90年代***，WHO及一些发达国家引入HACCP（危害分析重点控制点）系统，制定了利用卫生管理生产过程的食品生产承认制度。
