洁净室检测前，首先需要设置粒子计数器的采样流量，每个点采样3次，每次持续1分钟，单向流时，采样探头指向气流。如果气流方向不确定，采样探头应垂直向上，采样位置高度大约在0.8～1.5米高度，为工作区高度，采样点的选择要确保均匀分布洁净室或洁净区域。
粒子计数器一般按流量分为0.1CFM（2.83L/min）、1CFM（28.3L/MIN）、50L、100L等标准流量，大部分情况下洁净室每次采样1分钟，每个采样点采样3次 ，3个采样点以上时，每个采样点可以采样2次。空气洁净度等级的粒径范围应为0.1μm～5.0μm，ISO14664要求每个采样点的采样量至少为2升，采样时间最少为1分钟。
采样前需要计算最少采样点数，可以按照《洁净厂房设计规范》GB50073-2013中提供的公式进行计算。ISO 14644-1:20159(E)也提供了详细的计算公式，以及公式解读，并且给出了一个面积选择表，如下面表格所示，可根据洁净室检测的面积查到待测试的取样点最小数量。
有关洁净室区域的取样点：
洁净室面积(m2)少于或等于 | 待测试的取样点最小数量（NL） |
2 | 1 |
4 | 2 |
6 | 3 |
8 | 4 |
10 | 5 |
24 | 6 |
28 | 7 |
32 | 8 |
36 | 9 |
52 | 10 |
56 | 11 |
64 | 12 |
68 | 13 |
72 | 14 |
76 | 15 |
104 | 16 |
108 | 17 |
116 | 18 |
148 | 19 |
156 | 20 |
192 | 21 |
232 | 22 |
276 | 23 |
352 | 24 |
436 | 25 |
636 | 26 |
1000 | 27 |
>1000 | 见公式（A.1） |
备注1：如果被考虑面积在表格里两数值之间，取两者之间的较大数值。 备注2：如果是单向气流，区域可被视作移动空气断面于气流方向垂直。在其他所有情况下，可被视作洁净室或洁净区的平面图区域。 | |
